Les empreintes sont habituellement de cire vierge puis parfois colorée. Les empreintes métalliques sont beaucoup plus rares : il s’agit en général des sceaux des papes appelés bulles. Les sceaux ont d’abord été plaqués sur les actes puis, à partir du XIIe siècle, appendus par des liens divers (lacs de soie, rubans tissés, cordelettes de chanvre, bandes de parchemin, lanières de cuirs). A partir du XVIe siècle, se répandent des sceaux sous papier formés d’une petite quantité de cire placée entre deux feuilles de papier, l’empreinte étant imprimée sur la feuille supérieure.

Du fait de la fragilité de la cire, la conservation des sceaux est relativement difficile : empreintes écrasées au point d’être illisible, brisées, voire complètement disparues sont relativement nombreuses. Etant donné l’importance juridique du sceau, qui servait à authentifier l’acte, on a pourtant recherché, dès le moyen-âge, des moyens d’empêcher sa destruction : certains sceaux ont été coulés dans des boîtes métalliques, dont le but était d’éviter que les sceaux relativement fins ne se brisent, ou dans des boîtes en bois. Dans d’autres cas, des sceaux étaient coulés dans un berceau de cire d’une autre couleur. Des sceaux ont également été enfermés dans des petits sacs de parchemins quelquefois garnis d’étoupe. Cependant, le fait que ce type de protection ne permette pas de voir le sceau et que, parfois, le sac soit à la dimension exacte d’une empreinte fragmentaire donne à penser que ce type de conditionnement n’est pas contemporain du scellement. Il faut toutefois signaler que la plupart des sceaux parvenus jusqu’à nous n’ont pas reçu de conditionnement particulier à moins que ce dernier ne se soit perdu.
Les solutions adoptées, contemporaines ou pas du scellement, n’ont pas toujours eu l’effet recherché voire ont participé à la destruction des sceaux : lorsque les sceaux étaient enfermés dans une boîte en métal, dans la mesure où la cire et le métal ne réagissent pas de la même façon aux variations de température, ces dernières pouvaient entraîner une détérioration du sceau. L’étoupe qui garnissait les sacs de parchemin avait pour rôle de protéger les sceaux d’éventuels chocs lors des manipulations mais a absorbé une partie de l’humidité de la cire ce qui a fragilisé le sceau voire l’a transformé en poussière. En l’absence d’étoupe, la protection contre les chocs a été moins efficace si bien que les sceaux se sont brisés, le sac permettant cependant de conserver les morceaux en vue d’une restauration.

Dans la seconde moitié du XIXe siècle, conscientes de la fragilité des sceaux les Archives départementales avaient commencé à en faire des moulages afin de conserver au moins une empreinte des plus remarquables d’entre eux. Parallèlement, les pièces scellées étaient sorties des liasses où elles étaient rangées jusque là pour être conservées à part et leur éviter des détériorations liées à des manipulations trop fréquentes. Ces travaux n’avaient cependant pas été achevés.
Depuis quelques années, les Archives départementales ont repris le catalogage des sceaux et, entrepris, si nécessaire, de les faire restaurer. En fonction de l’état des sceaux, les interventions sont plus ou moins importantes : lorsque les sceaux sont bien conservés, un nettoyage est suffisant. En revanche, lorsqu’un sceau est brisé ou fragmentaire, il peut être nécessaire, outre de réassembler les morceaux, de rajouter de la cire afin d’empêcher la dégradation des fragments restants. Il faut cependant savoir que la restauration n’a pas pour but de remettre les sceaux dans leur état d’origine mais de permettre d’arrêter leur destruction et éventuellement en assemblant les morceaux de sceaux brisés de restituer leur image. Les parties manquantes sont éventuellement remplacées par de la cire d’une couleur approchante à celle de l’original mais, en aucun cas, on ne reconstitue la légende ou le dessin d’origine.
La restauration des sceaux est aussi l’occasion de réaliser un moulage sinon de toutes les empreintes du moins de celles qui sont le mieux conservées. Ces moulages sont une façon non seulement de conserver une image du sceau au cas où celui-ci, du fait de sa fragilité, viendrait à disparaître mais aussi de protéger l’original de trop nombreuses manipulations puisqu’on pourra étudier l’image du sceau à partir du moulage.